源于姬姓，出自春秋时期秦国上卿由余之后。由余是周携王姬余臣（字伯服）的子孙，在出使秦国时，秦穆公见其有才，于是用计留作己用，任其为上卿。由余在任期间，为助秦灭西戎十二国，使之拓地千里。由余的后人以其名作为姓氏，称由氏和余氏。

余姓著名郡望有新安郡：秦置新安县，故址在今促池境内、下邳郡：秦朝时期在今江苏睢宁西北一带设下邳县、吴兴郡；主要的堂号下邳堂、新安堂、忠宣堂等。