起源一：妘姓，相传祝融，是云氏的始祖，受封于郓罗地，号为妘子，其后裔子孙遂为妘氏，后省去女旁而为云氏。起源二：缙云氏，缙云黄帝时期的官名，管理一年四季之事，其中夏官的官名就叫做缙云氏。以官职名为氏。起源三：少数民族，属于汉化改姓为氏。

云姓在大陆与台湾均未列如前一百大姓。云姓后来迁往琅琊郡，并逐步发展成为当地望族。据《姓氏考略》记载：“缙云氏之后，望出琅琊（秦始皇置郡。相当于今天山东省东南部谙城、临沂、胶南一带），河南（汉高帝时置郡。在今河南省洛阳市一带）。”